1936年，土肥原晋升为中将，调任国内留守第 1师师长。“七七”事变后，他率领第 14师侵入华北，直接介入屠杀中国人民的侵略战争。1938年 6月，奉调回国，参加由陆、海、外代表组成的“对华特别委员会”，负责筹建中国占领区内统一的伪政权，并在上海设立了办事机构----土肥原机关。1940年 9月，土肥原转任军事参谋官兼陆军士官学校校长。

土肥原其人，阴险毒辣，两面三刀，居心叵测，善于权术。他不仅是中国人民不共戴天的敌人，而且在本土也声名狼藉。

土肥原有两个外号，中国叫他“土匪原”，西方叫他“东方的劳伦斯' 。对于中国人的风俗习惯、方言俚语几乎无所不通，熟读《三国》、《水浒传》，了解中国民族性，因此土肥原重信义、尚承诺也是为人所知。抗日名将马占山即认为土肥原不骗人；宋哲元也评价土肥原说话算话；德王痛骂岛国人时如果扯到土肥原上，便说“他懂，他懂，他说话算话”，岛国人称他性格温厚，不拘小节，没有私欲。侵华战场上，他还懂得收买人心，不许军队乱来，因为他知道焚烧村庄，女干妇女只会激起老百姓的反抗。他认为阴谋只是一种技术，使用越少越好，最大的谋略就是诚心，彻头彻尾的诚心诚意，推心置腹。

土肥原1936年3月，二二六事件后，土肥原奉调回国出任留守东京第一师团中将师团长。1937年3月，他又被任命为宇都宫第十四师团师团长。1937年卢沟桥事变爆发，岛国发动了全面侵华战争，土肥原奉命率部入侵中国。8月20日，土肥原部在塘沽登陆，参与北平永定河作战。岛国军攻克保定后 ，土肥原率部沿平汉铁路一线进犯，一路杀向石家庄、邢台、邯郸、磁县、大名、安阳、新乡，直抵黄河渡口。因其进军迅速，被岛国报纸称为是“华北战场上的一颗明星”。

如今他这将近两万人的部队，居然被徐红鹰的部队追的像个三孙子似的到处仓皇逃窜，你说他能不气的直咬牙嘛！